Ekosistemler için mikrobiyolojik faaliyetler ile madde döngüsü, sürekli yenilenme, dönüşüm ve çevrim çok önemlidir. Bunun için gerekli olan işlemleri aerobik, anaerobik ve fakültatif yollarla yapan sayısız ve ücretsiz trilyonlarca işçiler, çok çeşitli mikroorganizmalardır. Çevre Mühendisliği uygulamalarında mikroorganizmaların yeri çok büyüktür. Birçok çevresel sorunun çözümünde (katı, sıvı ve gaz halindeki atıkların arıtma teknolojilerinde, temel ve nihai işlemlerde, kirlilik gidermede, biyoloj ...